胃炎、胃・十二指腸潰瘍の患者の胃からピロリ菌が有意に高率に検出されていることから、胃炎、胃・十二指腸潰瘍など上部消化器疾患に関わることが考えられています。しかしピロリ菌に感染しているからといって胃炎、胃・十二指腸潰瘍が必ずおこるという訳ではなくほとんどの人は無症状で過ごしています。ピロリ菌の除菌はこの菌が原因で上部消化器症状がおきたと考えられる症例（再発を繰り返す潰瘍など）に対して行なわれます。多くの人は除菌によって胃炎が消失し、消化性潰瘍の再発が防止されます。しかし除菌することにより食道炎が起こる確率が増えるという報告もあります。
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